PHP 5 中对 CLI 和 CGI 文件名作了些改变。PHP 5 中，CGI 版本被改名为 php-cgi.exe（以前是 php.exe），现在主目录中的是 CLI 版本（之前是 cli/php.exe）。
PHP 5 中引进了一种新模式：php-win.exe。这和 CLI 版本相同，只除了 php-win 不输出任何内容，因此不会提供控制台（屏幕上不会闪过“dos 窗口”）。此行为类似 php-gtk。
PHP 5 中，CLI 版本总会产生全局变量 $argv 和 $argc 而不管 php.ini 是怎么设的。即使将 register_argc_argv 设为 off 也不影响 CLI。
参见命令行模式。